Los paquetes de debian para eclipse siguen increíblemente desactualizados.
Para instalar una versión Mars de eclipse sobre Debian, lo mejor es desinstalar versiones anteriores:
apt-get remove eclipse # Si están instalados de fuentes: whereis eclipse | xargs rm -rf
A continuación, bajar el paquete tar.gz de eclipse. No recomiendo usar el nuevo instalador, la verdad.
E instalar a mano.
Nosotros hemos optado por descomprimirlo en /usr/local/share y hacer un enlace simbólico desde /usr/bin
tar -xvzf eclipse-java-mars-1-linux-gtk-x86_64.tar.gz sudo mv eclipse/ /usr/local/share/ sudo ln -l /usr/local/share/eclipse/eclipse eclipse
Para instalar en esta versión plugins como goclipse, se puede hacer de forma bastante fácil:
Help -> Install New Software...Add...> URL: http://goclipse.github.io/releases/ .
En el listado, ya aparece el plugin goclipse, y se instala de forma desatendida.